《ZEGAPAIN》的主角十冻京是原本是一个快活的游泳少年，在千叶县的舞浜南高中上学，本应忙碌于恋爱和友情的他，有一天在神秘的转学生紫雫乃的引导下，被卷入了异世界的巨大机器人的战斗中。在反复的战斗中怀抱着各种疑问，并且苦恼着的京，为了保护自己与同伴而挺身投入了一场关乎世界存亡的战斗之中……